1986年2月14日，國務院正式批準成立國家自然科學基金委員會（簡稱自然科學基金委，英文名稱為National Natural Science Foundation of China，縮寫為NSFC）。2018年，自然科學基金委由國務院直屬事業單位改由科學技術部管理，依法管理國家自然科學基金，相對獨立運行，負責資助計劃、項目設置和評審、立項、監督等組織實施工作。根據2023年3月中共中央、國務院印發的《黨和國家機構改革方案》，中國21世紀議程管理中心、科學技術部高技術研究發展中心（科學技術部基礎研究管理中心）劃入自然科學基金委。
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