報告顯示，一是黃巖島珊瑚礁生態系統狀況總體良好，分布有造礁石珊瑚13科36屬135種，覆蓋率較高但區域差異明顯，珊瑚礁魚類和大型底棲無脊椎動物種類豐富；潟湖北部分布有連片繁茂海草，面積約1.85平方千米。二是黃巖島國家級自然保護區范圍內造礁石珊瑚平均覆蓋率高達38.8%，是眾多珍稀瀕危野生動物繁衍棲息的重要場所，分布有綠海龜、玳瑁、番紅硨磲、長硨磲、法螺、虎斑寶貝等國家一級、二級保護野生動物共94種。
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