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實際上，現在鑒定微生物種類步驟還挺復雜，一般要先在生物安全前提下采集代表性樣本，并做好陰性/陽性對照。還要進行宏觀與顯微形態觀察，如菌落形態、菌絲/孢子結構、革蘭氏染色等作為初步判斷。隨后以核酸為核心做分子鑒定，將樣本的“基因指紋”與權威數據庫比對給出屬/種級判定和置信度。要是樣本是茶菌這樣的混合群落水果忍者官方下載，則還要先采用純培養分離獲得單菌株，再進行鑒定，更加麻煩。
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